Примерно с 500 года в долине Аякучо существовала ничем не примечательная культура Уари, тесно связанная с древним царством Тиуанако и позаимствовавшая у последнего множество культурных и религиозных традиций.
С конца 6 века в государстве Уари неожиданно началось стремительное развитие, причём, сразу по всем направлениям. Продвинутое сельское хозяйство, строительство городов и дорог, государственное устройство и т.д.
С 8 века Уари начало военно-политическую экспансию, сначала установив контроль над всем горным Перу, а потом и над прибрежным, почти от Эквадора до Арекипы. Таким образом, Уари была первой империей в регионе.
Многое из приписываемого инкам было создано при Уари и позаимствовано инками. Уари развивали террасное земледелие, придумали планировку городов, перенятую инками. Значительная часть знаменитых "инкских" дорог, перевалочных пунктов, продовольственных складов и прочего была построена при Уари. Узелковое письмо "кипу" было также придумано ими.
Несмотря на сложившееся к тому времени доминирование в регионе языка кечуа, Уари говорили на аймара. Инки же позже мудро перешли на кечуа. Инкам вообще было просто использовать опыт имперского строительства Уари, Уари и Тиуанако (предки инков) были тесно связаны.
К концу первого тысячелетия по неизвестным причинам империя пришла в упадок, распалась на мелкие образования, крупные города были покинуты.
После падения Уари в северных горах свою самостоятельность восстановила Кахамарка, на северном побережье возникло царство Чимор, на центральном побережье появилась культура Чанкай, на южном побережье Уари сменила культура Чинча, а горах региона Аякучо на короткое время возникло государство Чанка, а там уже и инки на подходе были.
